L’insonnia dovuta ad altra malattia è molto meno frequente di quella comportamentale (circa il 20% dei casi) e il disturbo del sonno in genere si risolve se si riesce a trattare adeguatamente la malattia che sta alla base del problema.

Tra le cause più serie di insonnia da altro problema: le apnee notturne per ostruzione parziale delle prime vie aeree (es. da tonsille voluminose), il dolore (acuto o cronico), le malattie croniche.